Santee, cao 345 feet (105 m) trên mực nước biển, có chung phần phía bắc của một thung lũng với thành phố El Cajon. Thành phố được chia cắt bởi sông San Diego, chảy từ đông sang tây khoảng 4,2 dặm (6,8 km) trong phạm vi thành phố. Các ngọn đồi tạo thành một rào cản tự nhiên ở phía bắc và phía tây của nó.

Nổi bật nhìn ra phía tây của Santee là núi Cowles. Điểm mốc tự nhiên này, là điểm cao nhất trong thành phố San Diego, cung cấp tầm nhìn bao quát khắp quận và là điểm đến đi bộ nổi tiếng.

Khí hậu

Theo hệ thống phân loại khí hậu Köppen, Santee có khí hậu bán khô hạn, viết tắt là "BSk" trên bản đồ khí hậu.[1]